発覚後、しかるべき手を打たないまま問い詰めるとデータを消されてしまいますので、本当なら半月前にパソコン等の情報処理機器を確保した上で、問いただしたり、必要であれば、調査をできればよかったですね。
では、今からできることはと申しますと、今からでも遅くないので、そのパソコンを個人から会社に提出していただき、証拠保全のうえ、調査をするという流れになると思います。
完全抹消をかけたといっても、HDDを丸ごと交換しない限り、何かしらの情報が残されているものです。たとえば、完全抹消をかけた日付を捕捉しておくだけでも、後々状況証拠として有利に働くかもしれません。
社内秩序を取り戻すのもフォレンジック調査の役目だと思っています。
警察に訴えるつもりはないとのことですので、法廷提出資料の取りまとめが必要でなければ、比較的ご依頼いただきやすい費用で調査が可能かと存じます